“好，行在之事，就依董诰所言。”嘉庆想着董诰之言更有道理，便即同意了他的建议，又道：“托津、英和，你二人听着，托津先回京城，立刻接管健锐营入京，然后全力搜捕贼人余党，不得有误！京中纷乱如此，九门提督吉纶在做什么？如此迟疑庸碌，朕要他做九门提督何用？！英和速速持诏南下，将吉纶就地免职，暂代九门提督一职，京城守卫若再有疏漏，也唯你是问！”
“臣等遵旨！”英和与托津先后得了嘉庆口谕，便也前去做南下准备了。
到了次日，嘉庆一行仍如常整军南下，周遭百姓见皇室车驾如故，也自安心，至九月十八日，嘉庆终于如期抵达京城。
这时的阮元，在天津将漕粮交兑完毕之后，也带领漕船开始南下，果然漕船方才进入山东境内，宫禁之变的消息便也传到了阮元这边，阮元听闻皇城被突然袭击，也当即大惊，连忙召集了之前加以重用的三名帮主和孙星衍、焦循等人，紧急商议应对之策。
听着阮元告知各人，天理教徒在宫禁之地发起事变之事，孙星衍和焦循也都大吃一惊，焦循未经官场，更是不敢相信，当即向阮元问道：
“伯元，这……这是真的吗？皇城如此庄严之处，就……就这样被七十个贼人堂而皇之的出入其间，这……这皇城护军，都是干什么的啊？”
“伯元、里堂，如今看来，这一切又何尝没有因由呢？”这时反倒是孙星衍先冷静了下来，对阮元和焦循道：“伯元之前数年遭到贬谪，有些事或许也看不清楚，可我前些年就在这山东为官，那巡抚同兴是什么德行，我还不清楚吗？仗着天高皇帝远，他在这山东百事因循，成日毫不用心，多少刑案报到山东抚院，他都不闻不问，只把所有政事都交给下吏去办，那些吏员得了便宜之能，一个个胡作非为，惹了事，也从未见他管过！如此之人，有得一个，便能有十个百个，更何况皇城从来太平，这些护军哪里还有多少应急之能可言？我……我倒也不是说皇上错了，可如今这天下，承平日久，多少人安于现状、不思进取，只怕皇上也不能尽数发觉严惩，这才……这才有今日如此大逆之事啊？”
“渊如兄所言……确有道理。”阮元沉吟半晌，也同意了孙星衍之语，不过，相比于已经被平定的禁门之变，阮元更担心的，显然还是眼下漕运安危，也对孙焦二人道：“只是如此一来，咱们南下，却也更危险了，这禁门之事，咱们知道，滑县、山东的贼人难道便不知了？若是这阵风真吹了过来，运河沿岸，再有一二异动，咱们这南下漕船，便更有可能被盯上了。咱们现在要面对的情况，可比北上时想得还要难啊。”
“伯元，我之前却也没想到，这趟漕船南下，带的商货可不少啊，京城商人、漕帮水手，都有不少货物在船上，若是果然有人前来行劫，可就……不过伯元，你不是也说起过，滑县那些贼人，连附近的浚县都不能攻下，可见不过乌合之众吗？既然如此，咱们面对这些不成气候之人，会不会……”焦循想着眼前情况，也在一旁与阮元商议道。
“里堂，你说的确有道理。”阮元听着焦循之语，神色也渐渐坚定了起来，道：“正如我之前预料，贼人一是不善攻城，二是目光短浅，从如今咱们得到的情报来看，大部分谋逆之人，都集中在了滑县一地，这几天，虽然也有长垣、曹县失守的传闻，但即便是真的，这些县城易攻难守，夺回来不难，而且这里贼人，并不如滑县那般众多，也就是说，他们最多只能派些哨探到运河这边，虚张声势，根本就没有大举进攻咱们船队的能力！所以，咱们也无需担心兵力不足，只要加强沿漕戒备，凡有异动，我等皆能不为所动，一个月后，我们自然可以顺利南下江苏，江苏那边我已有调度，只要过了徐州，咱们自然就安全了。”
“伯元，这……话虽如此，可咱们这里是漕船，船上大多数人，也不过只是精于行船的水手，漕兵虽说咱们也带了，可一共才三百多人，但咱们这是五千条船啊？万一真的有贼人前来偷袭，就算他们一样不成气候，咱们一个人守十几条船，这也根本不够用啊？”焦循听着阮元之语，也颇为忧心地问道。
“伯元，我倒是想起来了。”孙星衍毕竟为官数十年，阮元行止异常之处，他比焦循更易发觉，道：“你北上之际，便告知临清铁铺开炉炼铁，是……为了防备南下时遇到贼人吧？可就算咱们能多一些刀枪……伯元，你打算给什么人用呢？”
“渊如兄，看来这些事还是瞒不住你啊？”阮元一边笑着，一边也对一旁的三名帮主说道：“这件事，你们也已经准备好了吧？我在临清那边，已经让他们打造了五千支铁矛头，我们明日就将矛头取来，你们也将预备好的五千水手集合过来，每人暂发一支，直到我们进入江苏为止！这一路上，我估计会遇到贼人夜袭，也可能遇到火攻，但无论发生什么，咱们都不用害怕，因为根本就不会有人大举进攻我们船队！若是你们实在不放心，我让漕船上的三百官兵守护外面河道，你们这五千人，只需护住漕船即可，这样对于他们而言，也不是什么难事吧？”
“大人，您就放心吧，咱们早就准备好了。就按大人的吩咐，无论岸上发生什么，咱们就坚持死守河道，护船南下！这点小事，咱们这几个漕帮，还是应对得来的！”扬州三帮帮主率先响应道，紧接着，九江后帮帮主和衢州帮帮主也一并向阮元作揖拜过，认可了阮元的计划。
“伯元，你这办法倒是不错，可是……”孙星衍听着阮元护漕之计，却反而多了几分担忧，对阮元道：“你这做漕帅的，直接在临清打造铁矛，这……这还是漕帅之职吗？若是皇上那边，又或者有什么人，认为你此举并非仅为护漕，而是……而是擅作主张，又或有……有个其它想法，你这以后的日子，可就不好过了啊？”阮元和孙星衍自然清楚，所谓“其它想法”，便是阮元私自打造兵器，图谋不轨了。虽说刀枪这种武器，即便民间也没有完全禁止，但民间铸造刀枪，铁匠必须留下自己姓名，以为担保之用，百姓也不能持有过多兵器。阮元仅为漕运总督，又不是为漕兵整顿武备，就这样打造大量铁矛，难免让别有用心之人得到口实。
“渊如兄，我知道，你也在担心我又有四年前那种事。但这一次，已是箭在弦上，这铸矛自卫之事，也是不得不做了。”阮元也郑重地对孙星衍说道：“这件事我已经写了密折，对皇上详加禀明，我也已在折子里写下，若是此次护漕有什么闪失，我一人承担罪责便是。的确，即便咱们的对手看起来不过尔尔，可护漕大事，也不是儿戏啊，总要有人出来寻个主意吧？相比于漕运大计，国家根本之事，我一人安危又算得了什么呢？再说了，咱们这里有你我和里堂，三个学问大家坐镇，咱们所学，又以‘实学’为长，那咱们难道不应该让天下人看看，咱们读书之后，果然是有所致用吗？”
“伯元，这……既然你都愿意拼上一把了，那我又有什么可犹豫的呢？”孙星衍沉吟半晌，终于还是认同了阮元的主意，道：“那就这样吧，我虽然六十了，可心中这股精神还没散尽呢，这半个月，我就把这条老命跟你赌上，一定保着咱们这些船，平安回到江苏才是！”
“好啊，能和渊如兄再共事半个月，这也是我的福分啊！”阮元看着无论漕帮还是挚友，这时都已经团结一致，准备共济时艰，心中也是无限激动，紧紧握住了孙星衍双手，以示谢意。
之后数日，果然如阮元所料，每日入夜，岸上都会出现大片火光，三更前后，更有无数呼喝之声，响彻运河两岸，不少水手即便有了准备，也难免心中发慌。阮元却看得清楚，这些敌人果然只是虚张声势，根本不敢大举进攻河道，故而每日入夜，自己都亲自指挥船队，坚守河道不动，一连数日，都是直到后半夜才能歇息。但运河漕船也在阮元悉心护卫之下，平安进入了济宁，一路南下微山湖而来。直到这时，岸上才终于回归平静。
事后阮元方才得知，曹县、长垣等地的天理教徒，在一度攻破县城之后，都没有继续守城，而是带了大半人马北上滑县，与李文成合兵去了，留在运河附近的果然只是小股教众，这些人眼看漕运船队行船严整，大批卫兵手持长矛，前后护卫，也果然不敢正面行劫，只得入夜之后趁夜鼓噪，试图引发船队混乱，眼看漕船岿然不动，数日之后，这些人便也散了。阮元准确的判断，成功保护了五千漕船得以及时南归。