与那彦成有区别的是，阮元对于海盗投降之事，并非一律拒绝或同意，但阮元清楚，即便海盗投降，也需要官府处于绝对有利的位置，不能让投降成为海盗投机获取官职的捷径。通过几年的交手，阮元也清楚黄葵所部渐趋式微，在蔡牵麾下也不受用，可以作为招降对象，便继续下令张成随时进攻黄葵，只等黄葵承受不住，海上局势便可以发生变化。
然而，进入七月，阮元却已然无力再来关注海上之事，浙江进入七月后，突然之间，再次大雨倾盆，杭州城不过数日，便成为一片泽国，许多地势偏低之处，房宅甚至被淹没了将近一层。阮元无奈之下，也只得放出抚院中所有备用船只，并告知家人暴雨时不要轻易下到二楼，自己也带着小船，亲赴杭州水灾严重之处指挥避雨救灾。好在杭州繁华百余年，又多有暴雨之事，很多人家都修了两层到三层的高楼，百姓避雨却也都有自己的办法。
这时雨灾最重之处，乃是驻防城外的延龄门、杜子桥一带，既是阮元大婚所经之地。阮元便也亲赴现场，一一指导附近官兵救灾搬物。正好看到张承勋也乘了船，出来观察水势，阮元便让人将船靠了过去，向张承勋问道：“张侯，你可知此处为何积水如此之多，我看东城也有低洼之地，却也不似这里严重啊？”
“阮中丞，我也是最近问了下面兵士，方才清楚其中情况啊。”张承勋道：“这里这条围着驻防城的水道，名叫流福沟，已经数十年未加翻修了，听闻平日就多有淤塞之处，这一下子，就更不好办了。这里出去就是西湖，西湖河口哪里，却也多有淤积之事，这样一来，积水排不进西湖，就都堵在城里，也就把这一片都给淹了进来。”
“可是西湖浩大，蓄水自当充足，怎么仅仅因为河口淤积，便即排不出积水了呢？”阮元问道。
“唉，我也是听说，西湖近些年虽说风景依旧，可堤岸之处，多有土壤倾陷之事，湖边的土流入湖里的多了，自然就把这里河口堵上了一大块。河口之内又有淤积，平日尚看不出来，可今年雨势，又是数十年所罕见，这些问题，自然也就浮现出来了。”张承勋叹道。
“唉，既然如此，这场雨之后，这流福沟，还有西湖河口，可也都要重新疏浚一遍才是啊。或许整个西湖沿岸，都要再修一次了。张侯，若是疏浚之事需要用人，也还望张侯助下官一臂之力。”阮元眼看无奈，也只得亡羊补牢，为灾后做好预案。
“好吧，我肯定帮你，只是这些日子我与他们一同救灾，我年纪也大了，只怕这杭州，却也待不了多少时日了。”张承勋道。果然，到了次年，张承勋便因年迈体衰，辞去了杭州将军一职回到京城，归京后不久便即去世，阮元也失去了一个可以倚重之人。
暴雨之后又过了数日，杭州积水才渐渐消退。而阮元在抚院，却也一连接到了各府急报，原来杭嘉湖三府，这次都被暴雨侵袭，三府大片田地，都在暴雨中绝收。一时之间，粮价涨了将近一倍，阮元眼看情形不容乐观，也立刻给李赓芸和湖州知府善庆去了信，让他们前往杭州，自己则召集了清安泰与李坦一并到了抚院，五人一道商议起救灾对策。
“当下之计，只得多管齐下，方能渡过难关。”李赓芸这时一边已升了嘉兴知府，一边阮元也让他兼理部分杭嘉湖道事宜，对于三府民情最为清楚，道：“四年前我们放赈之法，都可以再行一次，但杭嘉湖实情，与金华多不相同，杭嘉湖百姓众多，更是漕赋关键之处，这场大雨损失也重。只依靠本地存粮，恐怕难以久持。所以下官也请中丞尽快奏明皇上，暂留部分漕粮用以赈济，同时，向有粮各省相问，如有粮食富裕的省份，可以先向他们借粮。如此，方能保三府百姓无虞。”
“李府台说得是。”湖州知府善庆也补充道：“下官知道，今年川地收成尚可，中丞可以向皇上提议，请四川调粮入浙，以便接济百姓。”
“另外，这次积水退了，也要尽快让百姓返回耕地，再借给贫民稻种，以便播种秋稻。眼下尚未及八月，若是秋稻播种及时，秋粮尚可再收一些，若是秋粮充足，也方便百姓来年复耕，不致沦为流民。”李坦道。
“各位所言甚是，我今日便给皇上上奏，请皇上暂留部分漕粮，蠲免灾区赋税，另外准四川拨运余粮接济三府。”阮元也认同了各人的建议。
“这些事都好说，只是……”这时，清安泰忽然拿过一封奏报，向阮元道：“中丞，这是处州王知府的上报，好像处州那边，这次暴雨，也一样受灾不少。”
阮元听了，也连忙从清安泰手中接过奏报，看得数行，不禁眉头紧锁。原来这次暴雨除了危及杭嘉湖三府，就连西南的处州也受了灾，处州知府王绩著在信中称，因阮元嘉庆五年救灾尚有遗法，自己可以照章赈灾，但处州存粮不多，如期放赈，也只得够一月之用，处州又多山地，水土流失严重，复耕也要比杭嘉湖三府困难许多。一时无策，只得向杭州求助。
“现在三府之外，还有哪个府有余粮？若是有，让他们尽快往处州调运。”阮元也向其余四人道。
“中丞，若是处州需要救援，最好的办法，是从温州运粮。”清安泰道，阮元听了，清楚处州被山道阻隔，水道又与金衢严多不相通，最好的办法，便是从温州经瓯江北上运粮，也点了点头。道：“那也有劳清藩台了，麻烦你尽快给温州徐知府去信一封，若是州府有余粮，便先行借用，若是州府余粮不够……我与温州商人亦有相熟，我也去封信问问吧。”
“我这就去办。”清安泰应道，有了四年前的救灾经验，这次赈灾的前期工作，自也要比先前成熟许多，三府依例发粮施粥，平抑米价，渐渐将灾情控制了下来。嘉庆也准许杭嘉湖蠲免漕赋，拨粮赈济。只是四川调运余粮，尚需时日，阮元等人无奈，也只好让府县吏员多为巡行，以安民心。
如此过了数日，吴康成也来到抚院，表示愿意出资助赈，阮元自然大喜。可温州方面，情况却远不如先前所想，知府徐国才回信言明，可以将部分余粮送往处州，但即便如此，温州余粮本就不多，所运粮食仅供处州半月之用。而郑天选的回信则称，自己虽有海上经商之事，可贩米不多，更兼蔡牵与官府决裂后，再对他不留情面，去台湾的船被蔡牵劫了好几次，无力运粮助赈，只能将温州其他有粮商人情况告知阮元，托阮元另为联系。
见郑天选所言，温州以经营粮食为主的大商人共有两家，一名余亮，一名周华。阮元便也立即去信，唤二人前来杭州，商议调粮之事，余、周二人到得杭州，已是七月之末。
见这余亮、周华已经到了抚院，阮元也让清安泰、李赓芸二人一道陪同，与二人商议起赈灾之事。阮元率先发话，对二人道：“二位先生，温州处州的情况，相信二位比我等更加清楚，眼下温州境内，也只有二位手中尚有大批余粮，是以我等希望，二位能以大义为重，拨出部分存粮接济处州。当然，这绝对不是无本生意，而是我抚院以朝廷名义，向二位购粮，二位运往处州多少粮食，我等一定按市价偿值，有朝廷藩库为二位作保，这趟生意，二位绝不会吃亏。”
可是看这余周二人神色，却各自有些踌躇，过了半晌，余亮方对阮元答道：“中丞大人，其实这……不是我等不愿意卖粮食给处州，实在是我等有心无力啊？处州本身不是宽裕之地，即便是丰年，也买不起多少粮食，所以咱们从来也不向处州贩米，若是中丞让我等向处州输粮，不说别的，单只瓯江运船，我等便也没有几艘，若是走陆路，出温州不久就是山路，现在浙西南山道大多泥泞，根本没法运输粮食啊？大人就算能给我们些补偿，这不也是巧妇难为无米之炊吗？”
“若是这样，我也去和温州那边说一声，让徐知府为你们雇佣运船，你等只将粮食送上船便可，运了多少，我们都按市价支给。”阮元答道。
“可是大人，就算船的问题您能解决，眼下小人铺子里，余粮却也不多了啊？”周华道：“大人有所不知，这场暴雨前后下了快半个月，整个浙江只有遭灾严重与否之分，却没有一片安稳之地啊？各地都有难处，咱们的粮食也只得往各处贩运，以解倒悬之急。温州受灾轻于处州不假，可缺粮的百姓一样不少，咱们在温州已经卖了不少粮食，也都没赚到钱，大人让我们去处州贩粮，可我们……现在这个样子，我们要到哪里去找粮食呢？”