原本计划中神灵与众生隔绝开来的生活可以平息伏羲祖神的怒火这个设想倒也算是实现了，然而这一点让人惊喜的好处还没有持续多久，神灵就发现自己对三千世界的掌控力变弱了。
都不需要女娲祖神出面，所有的神灵就能感觉到，除了带来逐日界的少量信徒外，其他世界的信徒与他们的联系正在慢慢变弱。
与苏暖所知道的历史，神灵逐渐退出世界舞台是因为伏羲祖神逐渐将九天神界隔绝在三千世界之外不同，事实上是伏羲祖神还没做什么，三千世界的信徒就在逐渐忘却神灵。
到现在女娲祖神也无法肯定这到底是世界意志动的手还是天道搞的鬼，总而言之这对神灵来说很不利。
神灵的神力虽然取之不绝用之不尽，但信徒的供奉会加强他们所司掌的规则之力，没有神灵会傻到不要信徒。
为了挽回信徒，即便高居在九天之上众神也开始频频与下界接触，然而此时伏羲祖神因为无法摧毁乾坤卷轴和太一神剑变得愈发易怒，一旦被他撞到神灵与下界接触就会受到重罚，慢慢的神灵们也不敢随便行动了。
然后就是三千世界在失去神灵压制后，荒兽逐渐崛起，加上姜轩一事人族被起伏羲祖神迁怒收回了他们的天启灵智，人族在对抗荒兽的战斗中飞快落于下风，几乎遭到灭顶之灾。
灭族之祸带来的强烈信念使得人类信徒们的祈祷额外震耳欲聋，最后女娲祖神代表众神向伏羲祖神恳求，终于让伏羲祖神松口派遣了水火二神下界降妖。
之后便是注明的天柱倾塌之祸了，通天柱乃盘古祖神脊椎所化，无论是伏羲祖神还是女娲祖神对盘古都是极为尊敬的，可以说在祖神之中若要论一个老大的位置，必然非盘古祖神莫属，水火二神在降妖时不慎撞塌了通天柱，这件事情女娲祖神知晓的时候都忍不住泛起了一阵怒火，可想而知当时性情已极为古怪的伏羲祖神有多么暴跳如雷。
更加火上浇油的是水火二神居然躲了起来，伏羲祖神遍寻三千世界竟然都找不到他们。
这时候女娲祖神才察觉一件可怕的事情，诸神——包括他们两位祖神——对三千世界的掌控力居然已经减弱到了一个不可思议的地步。
绝对有什么外力在干扰祖神的力量，否则伏羲不可能寻不到水火二神，哪怕他们假死长眠也无法逃脱伏羲祖神的法眼。
但这个不可能却真的发生了，伏羲祖神也察觉了什么，而他比女娲祖神更快的反应过来究竟是什么力量在捣鬼。
天道。
天道在诸神都没有察觉的时候已经成长完善到了一个可怕的地步，他彻彻底底将神灵划分到了“不需要”的范畴，认定神灵是阻碍三千世界顺理成长的拦路石。
这在伏羲祖神看来无疑是彻底的背叛，天柱崩塌、水火二神畏罪潜逃、天道背叛……每一件事都挑拨着伏羲祖神紧绷的神经，彻底让伏羲祖神的情绪失控。
天柱崩塌导致黄泉之水倒灌于大地之上，伏羲祖神却不肯派人阻止，大洪水几乎淹没了所有的世界，不知多少生灵就此灭绝。
女娲祖神再一次恳求伏羲祖神，两位从未红过脸的祖神第一次大吵一架，最后伏羲祖神还是看在女娲祖神的份上，勉强同意了女娲祖神带领众神救世的行动。
这便是赫赫有名的女娲补天了，这一次女娲祖神强行求来的救世行动所付出的代价便是伏羲祖神彻底封闭了九天神界，从此神灵居所与三千世界再无任何联系。
然而女娲祖神没想到的是，伏羲祖神居然在封闭九天神界的时候向世间降下了灾祸，九天神界与外界讯息难通，等女娲祖神无意发现时三千世界诶已是瘟疫横生，在洪水中苦苦求生活下来的生灵又灭了九成，只余极少的生灵还在生死线上挣扎着。
这一次无论女娲祖神如何恳求或是发怒，伏羲祖神始终不肯松口，九天神界的结界是伏羲祖神亲手设下，唯一有能力强行闯出去的女娲祖神却不能这么做，她不能彻底与伏羲祖神翻脸。
最后女娲祖神选择了帮助自愿下界救世的神农，或许是因为女娲祖神态度太过坚决，伏羲祖神察觉神农偷偷下界后没有直接抹杀掉神农的存在，只是除去了他的神名。
尽管最后的结果神农依然陨落了，但他至少成功留下了一株神农巨木。
而这神农巨木是女娲祖神所有计划中的一个关键部分，在伏羲祖神的性情彻底失控的时候，女娲祖神开始频频在梦中预见未来。
这是一件很不可思议的事情，哪怕是神灵也无法准确的对未来做出预见，每一个微小的节点变化都可能导致未来完全不同的走向，然而世界意志或许能够敏锐感知到女娲祖神对三千世界还怀有善意，它们选择了对女娲祖神投以部分的信任。
有了三千世界意志的帮助，女娲祖神看到了无数未来的可能，然而每一种可能里，拥有神灵的那些可能性都带来了毁灭。
世界意志在哭泣，在发抖，在呼救，然后女娲祖神又看到了他们未能出生的弟弟——刑天的悲惨模样。
谁能想到那位被打碎了神卵的祖神居然与森罗界融为了一体，还野心勃勃的要将三千世界据为己有，从而使自己拥有足够的实力对抗伏羲与女娲两位祖神呢？
无数可怕的未来让女娲祖神都无法淡然对待了，三千世界亦饱含她的心血，她无法坐视其毁灭，但九天神界的神灵却是她的同族，她亦不能就这般舍弃他们，而森罗界的刑天……原本他和他们——伏羲和女娲——应该同样亲密无间，三位祖神各司其职让世界能够完美运转的。
女娲祖神苦苦寻找一条能够三全其美的道路，而正在这个时候盘古祖神的神魂从玉璧中苏醒了。
原本化为九天神界基石的盘古神魂应该永恒沉睡的，他永远和自己的弟弟妹妹在一起，却永远不会在与他们有所交集，然而许是失误毁掉了刑天的愧疚，居然让盘古神魂再度清醒了过来。