和珅伏法之后，嘉庆也继续下发诏令，逐渐更新乾隆末年的部分弊政。
首先，对于地方之上声名狼藉的官员，嘉庆逐步展开查办，比如湖广地方上贪纵不法，激起民变的湖南布政使郑源璹、湖广道员胡齐仑、武昌知府常丹葵等人，虽未必与和珅有所交集，但贪虐形状属实，一律革职查办。和珅另一亲信，云贵总督富纲，也在不久后被革职拿问，押解入京。
接下来，嘉庆依从朱珪建议，将议罪银之制认定为“和珅所创弊政”，有了和珅的名义，那么废除议罪银，自然也就是顺理成章之事了。
随后，嘉庆开始下诏求言，声称无论官民，均可向军机大臣或各部院上书，后改为向都察院投书，总之即便是平民百姓，也可以向朝廷陈述所见弊政。而且就理论而言，除非嘉庆亲决，否则都察院不得将平民上奏视为“妄诞”之言。（然而，因上奏文书数量众多，都察院擅自退回平民上奏之事，也依然有例可循。）
同时，对于乾隆朝因诗文著书犯禁的部分犯人家属，嘉庆亦宣布予以开释，徐述夔、王锡侯两家现存家眷，得以回归乡里。在诏书中嘉庆也声明：“殊不知文字诗句，原可意为轩轾。况此等人犯，生长本朝，自其祖父高曾，仰沐深仁厚泽，已百数十余年。岂复系怀胜国，而挟仇抵隙者。”一时间民间挟诗文检举之事，渐渐无闻。
清除旧弊的同时，嘉庆也厉行节俭，嘉庆四年因大行皇帝梓宫尚未安葬，暂停避暑山庄之行。先前新疆官员奉和珅之命，开凿大和阗玉送往京城，嘉庆得知此事之后，即令前方官员将大和阗玉弃置。乾隆庙号谥号，此时也已定下，庙称高宗，谥曰纯皇帝，后世谥号有所增益，暂时不表。
对于中外官员，嘉庆进一步进行调整，前线大员宜绵、秦承恩因久战无功，即行革职拿问。松筠回归中原，暂任陕甘总督，阿桂一力提拔的干吏吴熊光，被授予河南巡抚。在四川以清廉闻名的刘清，也被嘉庆委以安抚战区百姓的重任。前线这时也屡传战果，冉文俦、冷天禄等白莲教领袖均被剿灭。
就连衍圣公府之事，嘉庆也进行了调整，原本乾隆要求于氏抚养孔庆镕，嘉庆亲政后，以于氏外家不得擅自干预孔府家事为由，将孔府要事暂且交归孔宪增处理。对于孔府父子姐弟而言，这也是最好的结果。
此时，嘉庆也将大权暂时集中在南书房，以备政权过度之用，阮元也得到更多重任，暂署兵部左侍郎，参与绿营各部将官任免调用之事。一时眼看朝廷之中，皆是王杰、刘墉、纪昀、董诰、朱珪等元老重臣，阮元也不禁感慨，此时已是众正盈朝，再兴盛治，或许有望了。
只是阮元的日子，却也一直不得安歇。虽然没有了捉拿和珅，策应其中等机密要事可言，不需要再一直等到入更才能还家。可一时间南书房集中了大量各部公文，阮元既需要负责礼部乾隆大礼事宜，也需要参与兵部将官任免，每日在南书房中，依然辛苦。大多数入值之日，都需要一直忙到申正之后，才有可能退值，这在清代已经是极晚的退值时分。
眼看北京城已是冬去春来，进入三月时分，阮元的公务却一点不少。这一日，兵部拟定的部分将官改任奏疏被送到了南书房中，因涉及俱是提督、总兵之属，阮元一时也不敢决策。便将英和、潘世恩一并找来，共同拟定改任之事。
英和看着拟定的改任人选，问道：“阮侍郎，皇上自清除和珅一党一来，所新任提镇，俱是资历深厚，多有功绩之人。这份名单后面，也已经将各人近年的考课劳绩，一一齐备。却不知阮侍郎又有何建议，难道兵部如此谨慎的调任名单，竟也有不妥之处吗？”
阮元笑道：“其实并非如此，兵部这次调任官员，大多都是近年来为官勤勉，足以提镇一方之人。这个在下是不反对的。只是这其中有个人选，在下觉得还是再行商议为好。”说着打开了名单，将手指指向了其中一个熟悉的名字：李长庚。
“李长庚？”英和不觉有些疑惑，道：“文书中已有载明，李长庚在定海镇任总兵两年有余，一向勤勉，深得士众之心，所以此次改任广东的碣石镇总兵，算是平级调动。而且，近年来东南沿海，海寇频频，这个阮侍郎在浙江难道不知道吗？将他调任碣石镇，我看着距离海寇更近些，引兵作战反而方便呢。”
“但在下却认为，眼下应当让李长庚继续担任定海镇总兵为好。”阮元道。
“那阮侍郎又有何高见？”英和问道。
“在下以为，李长庚移镇，有三不可。第一，李长庚在定海镇不过两年，若陡然调离，定海镇军心必然受到影响，而他在碣石镇可谓初来乍到，还需要时间去熟悉军情。这样对于两镇而言，都不方便。第二，在下曾与定海镇将官有所交流，得知他们仅嘉庆二、三年两年，便积欠了一半军饷，若是此时定海镇无一令人信服之人坐镇，万一今年军饷再次发放不及，只怕定海镇军中会有哗变。第三，在下在浙江时，深知眼下海寇飘忽不定，闽浙粤三省俱有大批海盗出没，并不是说浙江靠近东海，所受灾难便要少于其他诸省，相反，海寇往往因浙省无备，竟北上突然袭击浙江沿海。是以此时浙省各镇总兵，不仅要选资历深厚之人，还有考虑是否擅长海战，是否能及时用兵。眼下拟任的这位哲勒杭阿大人，在下亦曾得闻，虽然勤勉，却不擅海战，此时浙江一旦调用不及时，只恐沿海百姓，年内便要受海寇所害，是以在下想着，能将他暂留定海镇，待海寇平定了，再考虑升迁之事不迟。”阮元道。
“可是阮大人，您这番话，我听着即便反过来说，也没错啊？既然李长庚在浙江，不过一年就可以稳定军心，那他去了碣石镇，一样可以很快指挥起全镇人马才对。至于军饷，皇上估计这几日也就要下发了，又有何必要让他继续留任？至于海寇飘忽不定，那为什么一定要强化浙江的防范呢，难道福建和广东，就已经不需要再考虑了吗？”英和问道。
“英大人，海战绝不同于陆战，若不是精通海战之法的宿将，骤然督师作战，必然要吃大亏。所以沿海各镇，在下以为大多无需变动，但诸如先前黄岩镇总兵陈上高，贪劣之迹早已上闻，将他撤职，是不可不为之举。可李长庚并非此类劣员，此时调用他镇，又有何益呢？而且在下还认为，眼下沿海各镇，也需要一只精于海战的水师，这样日后清剿海寇，才能无往不利，如此频繁更换提镇，其实并不利于练兵。”阮元坚持道。
“阮大人，外省提镇之事，哪里像你想的那般麻烦啊？任职一两年便即调动，本来也是常事，怎么到了阮大人这里，就这也不可，那也不可了呢？还是说，阮大人与李长庚有旧，所以想借此庇佑于他啊？”英和道。
“那潘大人有何意见？”阮元看着自己难以说服英和，只好求助于潘世恩。
“这……阮大人，下官这些年做得都是翰林，也不比阮大人，还有机会出京督学，若说起军旅之事，在下也着实不在行。不如还是等皇上到了，再请皇上定夺吧。”潘世恩是乾隆五十八年的状元，因文才出众，兼之勤勉，仅七年便升到詹事，也是阮元之后汉臣升迁最快的人之一。可正因如此，外事一时间却并不熟悉。
也就在这时，只听外面一个声音道：“阮元、英和，你们是在这里讨论政事吗？这是好事。朕不如皇阿玛英明神武，自然也需要你们齐心协力，多些意见，朕也可以斟酌使用嘛。”正是嘉庆到了，张进忠则拿着一卷诏书，跟随其后。阮元等人也连忙跪拜两旁，让嘉庆先上龙位坐下了。
嘉庆坐定后，也笑道：“都先起来吧，你们一个个说，阮元是侍郎，就先说吧。待你们都说过了，朕再居中裁决，如何？”看着嘉庆宽心求言，阮元与英和也都不再忌讳，便将方才兵部拟任之事一一说与了嘉庆。
嘉庆听完二人辩论，也沉思了半晌，道：“其实这件事啊，朕想着还是阮元所言，更为妥当。这李长庚在定海镇，到今年也就是第三年，如此说来，更换并无必要。而且英和啊，你方才说起，朕眼下就可以给定海镇发下拖欠的军饷，朕何时与你说过啊？今年免了不少府县赋税，能收上来的钱粮，把川楚的缺口补上，就不错了，剩下的前两年的军饷，朕可以补发，但能发出的也不过一二月的欠饷。你未经查证，便擅自代朕出言，自是有些疏忽了。而且你却不知，浙江事务，阮元先前在南书房时，便与朕多番谈论，他自然也要更熟悉些，你毕竟初用政事，还是要多些实干历练才是。当然了，这些事朕之前没告诉你，也是朕的疏忽。”英和听着嘉庆言语，宽和与严明兼备，一时间也想到自己确有不周之念，便不敢再言语了。
“但是阮元啊，英和这番议论，却不是针对你的。他与你一样，自来不附和珅，是忠良之家出身的。他阿玛德保做过礼部尚书，当时和珅想与他们家联姻，德保一向正直，便将和珅拒之门外，正是家风严谨啊。英和中得进士，至今也才七年，自然有些事还不熟悉，你二人即便有些争执，朕也希望你们过了今日，便即忘了，你们只需想着这大清天下即可，却不要就此生了嫌隙，竟处处针对上了，那样不好。”嘉庆也向阮元说道。
阮元也向英和回拜道：“英大人之言，虽与在下不同，却也是一心为国之论，在下方才也只是就事论事，并无他念，请英大人见谅。”
眼看阮元言语诚恳，英和也清楚自己确有顾虑不周之处，便也回道：“阮大人多礼了，原是在下不熟悉前线军务，竟误会了阮大人。”
至于其他人，倒是争议不多，浙江提督仍选用苍保，他之前就在浙江作提督，阮元也自熟悉，信得过他。黄岩镇总兵换了岳玺，温州镇总兵换了胡振声，都是众议可靠之人。眼看集议已毕，嘉庆也对各人说道：
“好啦，英和、潘世恩，你二人中得进士不过七年，且都在翰林办事，一时间有些事做不了主，是正常的。只是你们也都该看到了，和珅当国这些年，翰林考校，多有以权谋私，良莠不分之处，这些年真正值得提拔的后进官员，却也不多了。你们是能做大事的，所以朕先让你们来南书房看看怎么办事，以后有了经验，参与部务也就不难了。你们先退下吧，朕还有一道诏旨，是给阮元的。”嘉庆言语之间，对各人也都是照顾有加，不让英和与潘世恩自觉被自己怠慢。二人也便暂时告退，阮元则单独留下听旨，张进忠道：“奉旨：阮元改任户部左侍郎，兼经筵讲官，充会试副主考官，钦此！”
阮元听了，也是又惊又喜，清代科举，最上一层的殿试是皇帝本人出题并亲自监考，群臣不得干预。但在下一层，便是会试，自己会试得中，到这时尚不满十整年，就得到了主持会试的机会，虽然只是副主考，但也已经是无比难得的重任。一时间也有些担心，忙推辞道：“皇上，臣释褐不过十年，自觉才疏学浅，这会试主考，却是有些难以胜任的。”
嘉庆却道：“阮侍郎，你著书兴学，考校两省士子，一向俱有声名，这会试的副主考，却如何就做不得了？若论学问，朕看着你做副主考，是最合适不过了。而且你也不要担心，这次会试，朕任命的主考，是你的恩师，户部尚书朱珪，另一位副主考则是左都御史刘权之，他二人资历深厚，多有督学、出题经验，你若是不会，和他二人多学习一番，也就是了。朕这样说，你还想推辞吗？”
听着嘉庆这样鼓励，又知道正主考乃是恩师朱珪，阮元自然也不敢再行推辞了。只得应道：“皇上圣明，臣定当尽心竭力，悉心选士，此次会试，定要拔擢那些有真才实学之人出来，以报皇上任用之恩。”
不料嘉庆随后却话锋一转，笑道：“阮侍郎，若是旁人，朕也不愿多言，可你说尽心竭力，你在南书房这几个月，朕也都看着呢。哪一日不是申正之后，才得以退值啊？你这样确是辛苦，所以朕也想知道，你家中之人，有何言语？尊夫人我记得不过桃李之年，便要看着你这般公务繁忙，只怕也不愿意吧？”
阮元听着，也不禁面上渐红，其实嘉庆所言不假，他平日入朝早，退值晚，前后已有近两月，孔璐华在家中有了空闲，也不禁抱怨入京以来，竟也得不到几日团聚。其实阮元先前做学政习惯了，内心之中，也颇不情愿如此长时间的入宫当值。可是他一直念着乾隆知遇之恩，便当竭力以报，又怎敢主动向嘉庆请辞？这时也只得答道：“皇上，臣尺寸之功未建，便得以登临二品之位，若不能尽心公事，也只怕高宗皇帝在天之灵，降怒于臣。”
“但你和别人不一样啊？”嘉庆笑道：“你家中的事，朕听说过，你祖父的亲传孙辈，就只有你一人了。你先前也没有孩子，只有一个养子，你家中人丁如此单薄，日后还如何延续香火啊？再说了，朕也知道你尚有两个妾室，难道你把她们放在家里，就只是想养她们一辈子吗？你这样不顾家中事务，反倒是朕看着有些过意不去了啊？正好，眼下距离会试开始，尚有五日，四书题朕拟了，五经题和策论，还需要你们多斟酌一番。你这番回家，依例不得与外人有半分交集，便不要出门了，一边多想想如何拟定题目，一边也陪陪家里人吧。待今番会试结束了，南书房这里，朕也已经对内外要务，了解得足够清楚了。你就去部里办事，不需要再这般劳碌了。”
可是说到这里，嘉庆似乎又想到了另一件事。
“阮侍郎，朕还有一事想要问你，虽然这样，你可能还是要操心些要事，但也绝不会这般劳累。而且，这对你而言，是个好机会啊。”嘉庆颇有些神秘的说道：“朕不想破了皇阿玛的旧制，所以南书房政务交接完毕以后，朕还是要在军机处议决要事，主持机要的，依然是五个军机大臣。所以朕想着，你既然也已经是二品侍郎了，而且南书房这几个月，朕能看出来，无论大礼之事，还是兵部选任之事，你都有自己的办法，所以若是朕提拔你入军机处，你意下如何呢？军机处有章京轮值，你退值不会这样晚的。”
“皇上，这……臣一介文臣，先前从未参预机要，却如何在军机处与各位大人商议要事啊？”阮元听着也有些担心。
“你这话说的就不对了，朕想着眼下的军机处里，戴衢亨便是翰林文臣出身，可他一样做得军机大臣啊？再说了，朕想着他与你还有些交情，他兄长戴心亨在世之时，是你乡试的座师啊。还有，当年编修《石渠宝笈》的时候，董诰也曾与你共事，他对你印象也不错呢。成亲王、那彦成，这都和你有交情啊？有他四人和你齐心协力，你入了军机处，正是事半功倍啊。也就是庆桂与你，平日交往少了些，那也无妨，庆桂已任了大学士，还是要居中持重的，你也不必担心。怎么样，你可有此意愿？”嘉庆劝道。
不想阮元却继续坚辞道：“回皇上，臣以为，这军机处行走，臣眼下做不得。不仅如此，臣在南书房兼理军务之事，臣出了南书房，也决计不会外泄半分。”
“阮侍郎这……这又是何意呢？”嘉庆颇有些不解。
“回皇上，正月间，和珅乱政于前，皇上亲政于后，军机要事，不关白于军机大臣而直达皇上，是皇上为了及时掌握大权，以便日后主动任用军机处，不致反过来被军机处挟制。是以皇上重用南书房，任用朱大人与臣等襄理军政。但军机处毕竟是世宗皇帝以来国朝根本，不可偏废，是以南书房不过做一时权宜之计，皇上所用，亦不过近习之人。如此，国朝方得安定，体制方可无亏。但如果皇上任用臣入军机处，则体制与权宜之间，界限何在？臣若以近臣之名，居要臣之位，日后皇上用人，又当依何规矩？其余臣下，又当如何作想？难道在皇上面前做南书房的近臣，日子长了，被皇上信任了，就可以进入军机处了？若真是有那一日，军机处的威信，只怕也就要荡然无存了，而朝廷的体制，也就只得让那些投机取巧之辈，肆意利用而无法限制了。到那个时候，皇上是中兴了大清呢，还是让大清又走上了另一条不归路呢？臣今日不入军机处，也是为皇上保全了体制严明，日后国朝决事，自有仪度，却不得让机巧之辈，心存侥幸才是。如此，则大清幸甚，皇上幸甚！”阮元一边说着，一边再次向嘉庆叩首，以示自己至诚之言，并无私念。
而嘉庆听着阮元之言，却也暗自心惊。原来，这些问题，也正是前日夜间，他与纽祜禄氏商议之事。
“眼下朕要做的，就是先将大权收归朕之手。待得一切有条不紊了，再把权力下放到军机处。至于南书房，一切重归正途之后，也就该回到它原来的样子了。”这是嘉庆的计划。